目錄：
大乘止觀法門分科表
科目
甲一、總釋名題 分二
乙一、釋法題
乙二、釋人題
甲二、別解文義 分三
乙一、略標大綱 分三
丙一、泛標正法 分二
丁一、設問
丁二、答釋
丙二、標宗大乘 分二
丁一、設問
丁二、答釋
丙三、標示止觀 分二
丁一、設問
丁二、答釋
乙二、廣作分別 分二
丙一、重問
丙二、詳答 分三
丁一、許說
丁二、建立科判
丁三、分別解釋 分五
戊一、釋止觀依止 分二
己一、分科
己二、各釋 分三
庚一、明何所依止 分二
辛一、標列
辛二、釋成 分三
壬一、出眾名
壬二、辨解名義 分三
癸一、標章
癸二、廣釋 分七
子一、釋自性清淨心
子二、釋真如
子三、釋佛性 分二
丑一、略釋
丑二、廣辨 分三
寅一、約不覺辨 分二
卯一、明心非不覺
卯二、雙顯二佛性義
寅二、約覺辨 分四
卯一、辨智慧佛性 分三
辰一、雙許二義
辰二、約修廣釋 分二
巳一、約迷真起妄，成不覺義 分四
午一、明二熏
午二、出名相
午三、明互依
午四、結流轉
巳二、約返妄歸真，具二覺義 分二
午一、明能覺淨心義 分五
未一、名字覺
未二、觀行覺
未三、相似覺 分二
申一、正明覺於通惑
申二、兼明漸除別惑 分二
酉一、出別惑相
酉二、明漸除之由 分三
戍一、因末驗本
戍二、正明滅由
戍三、例後結前
未四、分真覺
未五、究竟覺
午二、明淨心自覺義
辰三、舉喻結成
卯二、辨報應佛性
卯三、辨出障佛性
卯四、辨平等佛性
寅三、釋餘疑 分四
卯一、釋執性廢修疑
卯二、釋本有不覺疑
卯三、釋自然因緣疑
卯四、釋無明心性疑
子四、釋法身
子五、釋如來藏
子六、釋法界
子七、釋法性
癸三、總結釋名
壬三、辨體狀 分二
癸一、標科略指
癸二、依科廣釋 分三
子一、舉離相以明淨心 分二
丑一、正明離相
丑二、巧示方便
子二、舉不一不異以論法性
子三、舉二種如來藏以辨真如 分二
丑一、明空如來藏 分二
寅一、正明空義
寅二、問答遣疑 分五
卯一、遣眾生現有疑
卯二、遣何因迷忘疑
卯三、遣無明有體疑
卯四、遣能熏為體疑
卯五、遣因果一異疑
丑二、明不空如來藏 分二
寅一、總立諸科
寅二、隨科各釋 分二
卯一、明具染淨二法 分二
辰一、明淨法 分二
巳一、明具足無漏性功德法
巳二、明具足出障淨法 分二
午一、明果性唯心所具
午二、明能熏亦唯心所具
辰二、明染法 分二
巳一、立科
巳二、各釋 分二
午一、明具足染性 分二
未一、正明
未二、釋疑 分七
申一、釋性不可轉疑
申二、釋兩性相違疑
申三、釋兩業起滅疑
申四、釋性不相除疑
申五、釋互論相違疑
申六、釋本末同滅疑
申七、釋相違不熏疑
午二、明具足染事
卯二、明藏體一異 分三
辰一、立科
辰二、詳釋 分六
巳一、明圓融無礙法界法門 分三
午一、直明法界體一
午二、具明染淨性事 分二
未一、標章
未二、釋示 分二
申一、釋性染性淨俱時具有
申二、釋事染事淨俱時具有 分二
酉一、明一時俱有
酉二、明始終方具
午三、正明無礙圓融 分三
未一、法說 分五
申一、明無差而差之理
申二、明全理成事
申三、明全事攝理
申四、明全事攝事
申五、結成差即無差
未二、喻說 分五
申一、喻無差而差之理
申二、喻全理成事
申三、喻全事攝理
申四、喻全事攝事
申五、結顯差即無差
未三、引證 分三
申一、引華嚴經
申二、引起信論
申三、引契經
巳二、明因果法身名別之義 分二
午一、正明 分二
未一、標章
未二、解釋 分二
申一、釋約事
申二、釋約性
午二、釋疑 分三
未一、釋習性疑
未二、釋有性疑
未三、釋立名疑
巳三、明真體在障出障之理 分二
午一、正明 分三
未一、明體性本融
未二、明約用差別
未三、明用不違體
午二、釋疑
巳四、明事用相攝之相 分二
午一、以理曲明 分二
未一、正明相攝 分二
申一、相攝
申二、相即
未二、兼破餘疑 分五
申一、破凡聖不同疑
申二、破聖無別相疑
申三、破世諦差別疑
申四、破世諦攝事疑
申五、破濫同神我疑
午二、以事巧示 分二
未一、許示
未二、正示 分二
申一、示大小相攝相即
申二、示時劫相攝相即
巳五、明治惑受報不同之義 分三
午一、正明 分二
未一、明治惑不同
未二、明受報不同
午二、釋疑 分二
未一、釋凡聖同時受報疑
未二、釋凡聖同時治惑疑
午三、破執分二
未一、破正計 分二
申一、起計
申二、破斥 分二
酉一、約共相法身直破
酉二、引事例破 分二
戍一、引多身無二心為例
戍二、引染淨無二心為例
未二、破轉計 分二
申一、轉計
申二、破斥 分二
酉一、正破
酉二、結成
巳六、明共相不共相識 分三
午一、總明
午二、別解 分四
未一、解共相識
未二、解不共相識
未三、解共中不共
未四、解不共中共
午三、結示
辰三、總結
庚二、明何故依止 分二
辛一、正明 分二
壬一、明修必依本義
壬二、明全性起修義 分二
癸一、正明
癸二、釋成
辛二、釋疑
庚三、明以何依止 分三
辛一、分科
辛二、解釋 分三
壬一、明以何依止體狀 分二
癸一、總標
癸二、別釋 分二
子一、明止行體狀 分二
丑一、正明
丑二、釋疑
子二、明觀行體狀
壬二、破小乘人執 分二
癸一、正破
癸二、釋疑
壬三、破大乘人執 分二
癸一、破名言
癸二、破暗證 分二
子一、問
子二、答 分二
丑一、約證破 分二
寅一、標徵
寅二、逐破 分三
卯一、破自證 分三
辰一、直破
辰二、破轉計 分五
巳一、破作意
巳二、破自止
巳三、破能知
巳四、破自知
巳五、破七識能見
辰三、結破
卯二、破他證 分二
辰一、正破
辰二、轉破
卯三、破證他 分四
辰一、明他不易證
辰二、明心不證他
辰三、明他不相止
辰四、明嫌非方便
丑二、約修破 分二
寅一、正破