目錄：
1. 百法論議
2. 大學綱目決疑
3. 答鄭崑巖中丞
4. 示無生祿禪人
5. 將之雷陽舟中示奇侍者
6. 促小師大義歸家山侍養
7. 示優婆塞結念佛社
8. 示宗遠禪人住山
9. 示慶雲禪人
10. 示寂覺禪人禮普陀
11. 示觀智雲禪人
12. 示湘譚諸優婆塞
13. 示半偈聞禪人
14. 示參禪切要
15. 示念佛切要
16. 示雲棲侍者
17. 示幻津壑公
18. 示衆
19. 示自覺智禪人
20. 示西印淨公專修淨士
21. 答大潔六問
22. 示曹溪寶林昂堂主
23. 示曹溪旦過寮融堂主
24. 示曹溪基莊主
25. 首楞嚴經通議序
26. 妙法蓮華經通義後序
27. 夢遊詩集自序
28. 刻方冊藏經序
29. 紫柏老人全集序
30. 雲棲老人全集序
31. 重興青原山七祖道場序
32. 高祖西林翁大和尚傳
33. 雲谷先大師傳
34. 雪浪法師恩公中興法道傳
35. 祭達觀大師文
36. 與達觀禪師書（九通）
37. 與妙峯禪師書（五通）
38. 寄蓮池禪師書（二通）
39. 與蒲州山陰王書（七通）
40. 與周海門觀察書（二通）
41. 與丁右武大參書
42. 與胡順庵中丞書（四通）
43. 答鄒南皐給諫書（四通）
44. 與王醒東侍御書
45. 答陳無異祠部書
46. 答錢受之太史書（七通）
47. 復段幻然給諫書
48. 復涿州石經山琬公塔院記
49. 盧山五乳峯法雲寺記
50. 西湖淨慈寺宗鏡堂記
51. 讀異夢記
52. 曹溪祖庭地脈形勢綠起說
53. 雜說
54. 憨山緒言
55. 曹溪寶林禪堂十方常住清規