靈峯智旭倡三學一源論，認為禪宗、教宗、律宗三學應該相互為用，不當分河飲水；又提出「儒釋同歸」，且註解四書、周易；但是他最終的歸趣則在淨土法門。智旭的佛學深受天臺宗學說影響，以一念統攝教禪各家，而最終則歸於念佛的當下之念。智旭不但要把諸宗導歸淨土，還試圖論證諸宗本來就出自淨土，「若律、若教、若禪，無不從淨土法門流出，無不歸還淨土法門」。智旭在《法海觀瀾》中摘抄出二十三種五十五卷與淨土有關的經典，為淨土法門尋找依據。念佛三昧論是智旭的中心思想。他基於「心佛眾生，三無差別」的理念，主張一切佛法，無不歸於念佛三昧：廬山慧遠念阿彌陀佛的果報莊嚴，念的是他佛；西天二十八祖，天臺智者觀心修禪，念的是自性佛；永明延壽及楚石梵琦等所倡導的念佛法門，用觀諸佛果位的依正莊嚴，以顯人心內的理體智慧，悟到心佛眾生三無差別，叫做雙念自他佛。其要點在於通過觀已成就的諸佛，來促使自己內心之佛的顯現。但是智旭真正心儀的，還是持名一法。
目錄：
1. 四十八願
2. 為母發願迴向文
3. 參究念佛論
4. 念佛即禪觀論
5. 非時食戒十大益論
6. 戒衣辯訛
7. 法脈稱呼辯
8. 答菩薩戒九問
9. 答比丘戒五問
10. 答印生四問
11. 退戒緣起並囑語
12. 法語（三十二則）
13. 祖堂幽棲寺丁亥除夕普說
14. 歙西豐南仁義院普說
15. 毗尼事義集要緣起
16. 校訂宗鏡錄跋四則
17. 梵網合註自序
18. 重刻成唯識論自考錄序
19. 閱藏知津自序
20. 四書蕅益解自序
21. 儒釋宗傳竊議
22. 陳最求哀疏
23. 刻占察行法助緣疏
24. 書（十六通）
25. 祖堂幽棲寺大悲壇記
26. 贈純如兄序
27. 璧如惺谷二友合傳
28. 誦帚師往生傳
29. 梵室偶談（二十八條）
1. 四十八願
2. 為母發願迴向文
3. 參究念佛論
4. 念佛即禪觀論
5. 非時食戒十大益論
6. 戒衣辯訛
7. 法脈稱呼辯
8. 答菩薩戒九問
9. 答比丘戒五問
10. 答印生四問
11. 退戒緣起並囑語
12. 法語（三十二則）
13. 祖堂幽棲寺丁亥除夕普說
14. 歙西豐南仁義院普說
15. 毗尼事義集要緣起
16. 校訂宗鏡錄跋四則
17. 梵網合註自序
18. 重刻成唯識論自考錄序
19. 閱藏知津自序
20. 四書蕅益解自序
21. 儒釋宗傳竊議
22. 陳最求哀疏
23. 刻占察行法助緣疏
24. 書（十六通）
25. 祖堂幽棲寺大悲壇記
26. 贈純如兄序
27. 璧如惺谷二友合傳
28. 誦帚師往生傳
29. 梵室偶談（二十八條）
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