目錄：
序一　馬祖列島的史前文化與「亮島人」／臧振華
序二　亮島遺址的發現是許多機緣的巧合／楊綏生
自序

上　篇　馬祖列島的史前文化
第一章、馬祖列島的自然生態與人文環境
一、馬祖列島的自然生態環境
二、馬祖列島的簡史與人文環境
三、亮島的自然生態環境
四、亮島的人文環境

第二章、海洋文化與海洋島嶼考古學
一、海洋文化與陸地文化
二、海洋民族的特性
三、海洋島嶼考古學

第三章、馬祖列島的考古學
一、馬祖列島的考古學研究
二、熾坪隴遺址的文化
三、亮島島尾遺址群的文化
四、出土物的觀察與分析

第四章、馬祖列島的史前文化
一、馬祖列島史前文化之命名
二、馬祖列島周邊的史前文化相
三、馬祖列島遺址與諸周邊遺址出土物的比較

下　篇　「亮島人」的研究
第五章、「亮島人」的發掘及其體質
一、「亮島人」的發掘
二、「亮島人」的墓葬風俗
三、「亮島人」的骨骼
四、「亮島人」的頭骨形態測量性狀與指數分析
五、「亮島人」牙齒的觀察與分析

第六章、「亮島人」的 DNA 研究
一、人種遺傳學的理論基礎簡述
二、「亮島人」DNA 研究的合作者
三、「亮島人」DNA 研究
四、從「亮島人」DNA 看與台灣原住民關係

第七章、從人種遺傳學探討「亮島人」之種屬
一、更新世的東亞人種
二、新石器時代以來的東亞現代人種
三、「亮島人」的種屬

第八章、從體質與文化人類學探討「亮島人」之種屬
一、從顱骨形態學探討「亮島人」之種屬
二、從語言學探討「亮島人」的種屬
三、從民族志探討「亮島人」的種屬

第九章、從「亮島人」探討南島語族的源流
一、南島語族的起源
二、南島語族的擴張理論
三、南島語族的擴張及其途徑
四、南島語族的起源地與「亮島人」

第十章、綜論
一、人與海洋
二、馬祖列島的「亮島文化」
三、「亮島人」的研究
四、結論

參考書目